水是工业生产中重要的原料之一，没有合格的水源，任何工业都不能维持下去。作为工业用水的淡水水源主要来自地表的江河水、湖泊和水库水以及底下水（井水）。
在半导体制作工艺中，百分之80以上的工序要经过化学处理。而每一道化学处理都离不开超纯水；如在硅片的处理工序中，一半以上的工序经过超纯水清洗后便直接进入高温处理过程，此时如果水中含有杂质便会进入硅片，造成器件性能下降成品率低。
所以对微生物的标准是很严格的，所以在原水进入反渗透系统前需要进行预处理（如下图）。
比如长江水中有机物数量庞大、种类繁多，尤其容易在反渗透膜上形成有机物污染；另一方面预处理也可能是微生物污染源，如辅助除去悬浮物的混凝剂过量，也给微生物提供了适宜的生长环境。
防止微生物污染的方法通常是采取有效的杀菌处理措施。所以还需要进行反渗透专用杀菌剂进行处理后，再到下一个工序。
同时注意监测反渗透系统各环节的水中微生物总数tbc以便有效的预防，当发现有微生物污染的症状时(压差升高10％，产水量降低10％)应及时采取清洗措施以免污染加重。
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